Les systemes etudies par les sciences du vivant (agronomie, ecologie etc.) sont representes sous la forme de programmes de simulation numerique. Afin d'acceder a des objets de recherche pluridisciplinaires, ces programmes sont assembles au sein de plateformes logicielles. La these traite de questions semantiques generees par l'assemblage de programmes. Au travers de l'analyse d'exemples (MODCOM, OpenMI, VLE, APES, DSSAT et SEAMLESS-IF), nous montrons...