Tra le cause principali della contaminazione del fiume San Lucas troviamo i rifiuti prodotti dall'attivit antropica, cos come lo scarico di sostanze estranee, come microrganismi, prodotti chimici, rifiuti industriali, tra gli altri. I principali fattori inquinanti sono stati osservati: persone e animali che defecano nel fiume, scarico di rifiuti residenziali, scarichi fognari (scarichi clandestini), autolavaggi, rifiuti residenziali, commerciali,...